Program Studi Doktor Pendidikan Agama Islam Universitas Kiai Abdullah Faqih Gresik (UNKAFA) yang diajukan memiliki Visi “Menjadi Program Doktor berbasis pesantren yang Unggul dalam pengembangan keilmuan Pendidikan Agama Islam Moderat pada tahun 2033”, dengan Visi Keilmuan “Menjadi pusat unggulan dalam pengembangan keilmuan Pendidikan Agama Islam Moderat berbasis pesantren pada tahun 2033, yang melibatkan penyelidikan, inovasi, dan pendekatan holistik untuk mendukung pengembangan karakter, pemikiran kritis, dan toleransi beragama di tengah kompleksitas tantangan global”.